Universitas Islam Indonesia Yogyakarta dalam menyelenggarakan pendidikan menggunakan Sistem Kredit Semester (SKS). Dalam sistem ini, beban studi mahasiswa, beban pengalaman belajar, beban kerja dosen, dan beban penyelenggaraan program dinyatakan dalam Satuan Kredit Semester.

Satu SKS adalah satuan waktu kegiatan belajar dalam satu semester melalui kegiatan terjadwal per-minggu sebanyak 1 kali 50 menit kegiatan kuliah/ tatap muka, 1 kali 50 menit kegiatan belajar mandiri, dan 1 kali 50 menit latihan/tugas/pekerjaan rumah atau 2 kali 50 menit praktikum atau 4 kali 50 menit kerja lapangan. Setiap mata kuliah dihargai dengan sejumlah SKS, sesuai dengan banyaknya jam kegiatan yang digunakan per minggu.

Kegiatan pendidikan terdiri dari kegiatan wajib dan kegiatan pilihan. Kegiatan pendidikan wajib harus diikuti oleh semua mahasiswa, sedang kegiatan pendidikan pilihan disediakan untuk memenuhi beban SKS total yang harus dipenuhi, dan merupakan saluran minat, bakat, dan kemampuan masing-masing mahasiswa.

Dalam Sistem Kredit tidak dikenal adanya kenaikan tingkat pada setiap tahun akademik. Jumlah SKS dan komposisi pengambilan mata kuliah setiap semester, serta waktu penyelesaian studi tidak harus sama antara mahasiswa satu dengan lainnya. Jumlah SKS yang dapat diambil pada suatu semester ditentukan oleh kemampuan inpidual mahasiswa yang ditunjukkan oleh indeks prestasi semester sebelumnya, kecuali untuk mahasiswa semester pertama berupa paket.

Dengan demikian, sistem ini memberikan kesempatan kepada mahasiswa yang cakap dan giat belajar untuk dapat menyelesaikan studi dalam waktu sesingkat-singkatnya.