Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam merupakan salah satu fakultas di UII yang mulai menerima mahasiswa baru pada tahun 1995/1996 untuk jurusan Statistika, program studi Statistika. Dibukanya Fakultas MIPA merupakan tuntutan dan permintaan dari masyarakat yang ingin mengenyam pendidikan dalam bidang sains di kampus UII. Data Badan Pusat Statistik (BPS) menunjukkan bahwa di Indonesia masih kekurangan tenaga kerja dari sarjana Sains (MIPA), yang berarti bahwa jumlah permintaan sarjana MIPA lebih besar dari lulusan yang dihasilkan.

Pada tahun kedua, berdasarkan Surat Keputusan dari Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 196/DIKTI/Kep./1996 tertanggal 20 Juni 1996, Fakultas MIPA memperoleh status Terdaftar untuk jurusan Statistika, program studi Statistika dan status Terdaftar untuk jurusan Ilmu Kimia, program studi Ilmu Kimia. Dengan demikian, mulai tahun ajaran 1996/1997, jurusan yang ada di Fakultas MIPA adalah Jurusan Statistika ditambah satu jurusan lagi yaitu Jurusan Ilmu Kimia.

Dalam rangka pengkayaan jurusan/program studi, mulai tahun ajaran 1998/1999 Fakultas MIPA membuka jurusan/program studi baru yaitu Jurusan Farmasi dan mulai tahun akademik 2002/2003 telah dibuka program Pendidikan Profesi Apoteker. Pada tahun akademik 2003/2004 Fakultas MIPA UII membuka program D3 Kimia Analis yang kemudian berubah nama menajdi Prodi D3 Analisis Kimia.  Tahun 2014 berdiri Program Studi Pendidikan Kimia dan pada tahun 2018 berdiri Prodi S2 Kimia. Tiga Prodi yang ada di FMIPA saat ini sudah memperoleh akreditasi A yaitu Kimia, Farmasi dan Profesi Apoteker. Sedangkan Prodi Statistika, Analisis Kimia dan Pendidikan Kimia masing-masing terakreditasi B.